黄仁宇在书中提到了「数目化管理」的方法，意指这种方式的推行可以有效改变万历年间的颓势。然而我认为这种方法在当时并不能产生有效的作用————即使形式上做到了，在本质上这种管理办法是有悖于支撑整个文官集团调和利益的「阴阳」之道的。
中庸无疑是儒家最有代表的特点之一。《万历十五年》中强调了这一点，并将维持这种中庸之道的手段称为「阴阳」。「阴」意指自我的欲望，「阳」代指大义与道德。文官集团在长期磨合中，发展出一套较稳固的阴阳调和之术，将个人的欲望合理的通过诉诸大义的方式表达出来。例如李贽所承认的「做官的目的本来就是名利」：这在当时无疑是不被文官集团所接受的。取而代之的是去绝私欲、为国为民等高尚的大义，而做官得到的物质回报只不过是在大义面前的小小回报。在这种前提下，一切不利的改变都会被利益集团诉诸于有违道德，改革者则会被人以道德抨击。即使皇帝作为最高掌权者，看似权力至高无上，在触犯到文官集团的利益时，也会被整个群体以「阳」的一面驳斥，这种力量使皇帝也无法为满足自己的「阴」而不顾文官集团的道德牵制。因此，基于这种阴阳调和的特殊性和复杂，一个在文官集团眼里称职的首辅的价值体现在如何用阴阳之术平衡皇帝和文官集团的利益。
而作者提出的「数目化管理」(mathematically management)，其表面上是自上而下推行的数字化的精确度量方式，本质上却是打破了这种阴阳调和的管理办法的。例如产权的明晰，或是承认私有制，在当时会难以推行。首先原因是这有违统治阶级的直接利益。吴晓波在《激荡三十年》中提到：国企的改制面临种种问题，其中较大的就是地方政府持有企业的股份，此时的国企管理层在面临股权重改时的阻力。当管理层想要回购股份MBO (Management Buy-Outs) 时，在这灰色地带常常会给管理层带来万劫不复的后果。即使成功MBO，再后来企业发展过程中，曾经的地方政府持有者也会以「地方企业的出身问题」要求夺回控制权。这无疑是在产权观念不清晰造成的。可想而知，既然在改革开放初期的产权改制都会造成如此大的波动，在四百年前的明朝，推行这种政策的可能性可以说微乎其微。同时，产权的问题严格来说在小农经济下没有必要也无法区分如此明晰。费孝通的《乡土中国》提到，
在长老权力下，传统的形式是不准反对的，但是只要表面上承认这形式，内容却可以经注释而改变。结果不免是口是心非。在中国旧式家庭中生长的人都明白家长的意志怎样在表面的无违下，事实上被歪曲的。」
在过去，改革很少有大刀阔斧能够成功的。在皇权至上，普天之下，莫非王土的挂念下，产权的清晰划分谈何容易。 而一旦真正采用了清晰产权的做法，这自下而上的「阳奉阴违」的可操作性将会消失，自然在一个利益集团中这种制度无法推行下去。
综上，「阴阳」与 「数目化管理」的冲突，本质上是儒家思想和重商主义的冲突，也是「道德」与「法治」的冲突。「数目化管理」办法的采用，并不是一个简单的技术问题，而是自上而下的政治文化问题。